Sekolah Kebangsaan LKTP Nitar 2, Mersing telah dibuka pada 05 Januari 1986. Sekolah ini didirikan di Jalan kesidang, FELDA Nitar 2, Mersing yang merupakan kawasan petempatan yang dibuka oleh kerajaan melalui agensi pertaniannya, FELDA. Kegiatan pertanian yang utama di sini ialah kelapa sawit. Justeru, bagi menenuhi keperluan pendidikan anak-anak peneroka di sini, maka sekolah ini pun dibuka. Sekolah ini berada di bawah pentadbiran Pejabat Pelajaran Daerah Mersing yang terletak kira-kira 25 kilometer jauhnya.

Ketika mula dibuka murid-muridnya berjumlah 702 orang dengan tenaga pengajar seramai 30 orang. Guru Besarnya yang pertama ialah Tuan Haji Nordin bin Rashidi. Pada mulanya murid-murid ditempatkan di bangunan sementara iaitu di dua puluh buah rumah peneroka yang masih belum berpenghuni lagi. Sebahagian daripada muridnya menumpang di Sekolah Kebangsaan LKTP Nitar 1, Mersing yang jauhnya 5 km dari penempatan ini. Selepas itu berpindah pula ke stor baja Felda Nitar 2 yang letaknya berhampiran padang awam. Bangunan yang ada sekarang ini mula digunakan pada 06 Ogos 1989. Pada masa itu bekalan elektrik masih belum ada lagi. Pihak sekolah kemudiannya dibekalkan dengan generator oleh pihak kerajaan.

Setelah Tuan haji Nordin bersara wajib pada tahun 1987, beliau telah digantikan oleh En. Salleh bin Johari. Pada tahun 1988 buat pertama kalinya seramai 66 orang murid sekolah ini telah menduduki penilaian UPSR di bangunan sekolah yang belum disiapkan sepenuhnya. Ia terpaksa dilakukan kerana untuk memberi keselesaan kepada calon-calon berbanding jika mereka menggunakan stor baja tersebut. 

Pada tahun 1989, Encik Mohamad bin Sulong menjadi Guru Besar setelah Encik Salleh binJohari bertukar ke Sekolah Kebangsaan Bandar Endau. Guru Besar yang paling lama bertugas di sini adalah Tuan haji Abdul Rahman bin Daim (1992-1997). Selepas ini beliau digantikan oleh Tuan Haji Mohd Nor bin Salleh (1998—2000). Apabila bersara wajib, beliau digantikan Encik Mohd Nasir bin Maskan (2001). Pada tahun 2002 Encik Abdul latiffe bin  Ahmad sehingga bulan Julai 2007. Mulai 1 Ogos 2007, sekolah ini diterajui oleh Encik Kamaruddin bin Hj. Othman hingga 2009. Peneraju utama sekarang ialah Tuan Hj Hamzah Bin Ahmad.

Pada tahun 2001 Makmal Komputer telah siap dibina dan mula digunakan mulai 2002. Makmal ini menempatkan sebanyak 20 set komputer dilengkapi dengan kemudahan internet untuk membolehkan murid-murid melalui kaedah pembelajaran maya.

Bermula 5 September 2007 bermulalah era pembangunan di sekolah ini. Sebuah bangunan baru setinggi 3 tingkat mula dibina. Ia bertujuan untuk P&P, j-QAF dan lain-lain kemudahan baru seperti Bilik Akses Kendiri, Bilih Kemahiran Hidup,Bilik Pendidikan Khas, Bilik Guru, dan Bilik Perpustakaan baru.

Semoga sekolah ini terus berkembang maju dari semasa ke semasa.